斑马鱼的胚胎是透明的而且体外发育，因此很容易观察药物对活体器官的作用。与哺乳动物模型生物相比具有极大的优点，因为它们的胚胎发育是在子宫内进行的。斑马鱼的胚胎很小，每次测定只需要很少量的样品，而且筛选可以在96孔微板上进行，每孔只需要100微升水。由于斑马鱼胚胎有可以提供营养的卵黄，因此第一周内不需要任何喂食。用药也很简单，小分子化合物可以溶于水中并扩散到胚胎中。

    斑马鱼是唯一的经过大规模遗传筛选的脊椎动物物种。遗传筛选得到的许多突变显现与人类疾病相似的表型，大规模的突变筛选找到了1000多个具有可见胚胎显型的突变体。其中包括血液病、代谢病等。许多斑马鱼的哺乳动物同源基因已经被克隆，并且发现有相似的功能，证实了斑马鱼作为人类疾病模型的应用。

    基于已知疾病机制而建立的斑马鱼模型在几个治疗领域快速发展，包括血液病、糖尿病、肌肉萎缩、神经萎缩、血管生成和脂代谢。如：

心脏发育过程中因突变而引起的缺陷可以作为模型来研究先天性心肌炎和心律不齐。

如用氯化铜处理胚胎延长其凝血时间来建立血友病模型。

用MPTP处理建立帕金森症模型

用分支杆菌感染斑马鱼可使成年斑马鱼形成肺结核，建立肺结核模型。

基于血管生成而建立的斑马鱼抗癌药模型和心血管疾病模型。