斑马鱼全基因组突变新技术
2008-03-18 / 编辑
北京大学生命科学学院、美国国立人类基因组研究所和加州大学生物系的研究人员，最近在利用逆转录病毒插入法引发斑马鱼全基因组范围内基因突变的研究中取得重大进展。文章刊登于7月18日在线版《PNAS》。
研究人员采用其研制的一组技术，用假性逆转录病毒（pseudotyped retroviruses）感染斑马鱼胚胎，并且绘制了F1代斑马鱼基因组中前病毒整合（retroviral integrations）的遗传位点。研究人员在F1斑马鱼中找到代表993个逆转录病毒整合的2045个序列。共599个整合位于现有的遗传集合(Zv6)中，233个整合定位于基因内。
通过培育25个基因中携带前病毒整合的斑马鱼，研究人员证实，在接近一半的基因“点击率”中，mRNA转录水平下降了70％以上，整合出现在外显子或者第一个内含子中时突变的可能性最大。根据这些数据，将近1/5的整合会出现逆转录病毒的突变。另外，当鼠类白血病病毒特异整合到基因的第一个内含子（不与其它内含子整合）时，会出现一个强烈的诱变效应。19个基因无活性事件中的3个有胚胎缺陷。根据研究人员所勾勒的策略，可能F1代鱼中每30个测序反应就有1起突变事件。这与传统测序途径（TILLING，Targeting Induced Local Lesions IN Genomes，定向诱导基因组局部突变技术)相比，鉴别斑马鱼基因突变的有效性上升20－30倍。将这种上升的有效性和F1代斑马鱼精子样本的低温冻藏相结合，有望得到在每个斑马鱼基因都含有突变的稳定的资源。
研究人员采用其研制的一组技术，用假性逆转录病毒（pseudotyped retroviruses）感染斑马鱼胚胎，并且绘制了F1代斑马鱼基因组中前病毒整合（retroviral integrations）的遗传位点。研究人员在F1斑马鱼中找到代表993个逆转录病毒整合的2045个序列。共599个整合位于现有的遗传集合(Zv6)中，233个整合定位于基因内。
通过培育25个基因中携带前病毒整合的斑马鱼，研究人员证实，在接近一半的基因“点击率”中，mRNA转录水平下降了70％以上，整合出现在外显子或者第一个内含子中时突变的可能性最大。根据这些数据，将近1/5的整合会出现逆转录病毒的突变。另外，当鼠类白血病病毒特异整合到基因的第一个内含子（不与其它内含子整合）时，会出现一个强烈的诱变效应。19个基因无活性事件中的3个有胚胎缺陷。根据研究人员所勾勒的策略，可能F1代鱼中每30个测序反应就有1起突变事件。这与传统测序途径（TILLING，Targeting Induced Local Lesions IN Genomes，定向诱导基因组局部突变技术)相比，鉴别斑马鱼基因突变的有效性上升20－30倍。将这种上升的有效性和F1代斑马鱼精子样本的低温冻藏相结合，有望得到在每个斑马鱼基因都含有突变的稳定的资源。
